Bachelor Theses

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Anpassen von theoretischen Modellen an Features in LCMS Daten
Date: 26.05.2004Project: OpenMSTutor(s) : Clemens Gröpl
Implementierung und Erprobung von Algorithmen zum Adaptieren von theoretischen Modell an Features in LCMS Daten.

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Simulation von multiplex MS-Spektren
Date: 16.05.2008Project: OpenMSTutor(s) : Ole Schulz-Trieglaff, Chris Bielow
Erweiterung eines Simulators für Massenspektrometrie-Daten zur Unterstützung von verschieden Labelling-Verfahren.

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Implementierung eines Tools zum Multiple Reaction Monitoring (MRM)
Date: 16.05.2008Project: OpenMSTutor(s) : Ole Schulz-Trieglaff
Implementierung einer Software zur Quantifizierung von Peptiden mit MRM (Multiple Reaction Monitoring).

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Gapped q-gram filtering loss
Date: 2.06.2008Project: SeqAnTutor(s) : Emde, Reinert
Berechnung von Verlustraten beim Filtern mit gapped q-grams unter Beruecksichtigung unterschiedlicher Fehlerwahrscheinlichkeiten.

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Qingyu Xu: Protein Digestion and Modified Peptides
Date: tbdProject: ProteomicsTutor(s) : Clemens Gröpl
The bachelor thesis shall implement theoretical digestion of protein sequences and enumeration of the resulting peptides including various modifications, as a component of OpenMS.
René Märker: HMM Algorithms
Date: 9.06.2008Project: SeqAnTutor(s) : Rausch, Reinert
Implementation and performance tests of the Baum-Welch algorithm and the posterior decoding algorithm. Possible applications are Profile HMMs or Pair HMMs.
Theses from 2007
Alexander Rose: Heuristiken zum Suffix-Array-Aufbau mit Quicksort
Date: 13.08.2007Project: SeqanTutor(s) : Weese, Döring
Implementierung verschiedener Heuristiken zur Beschleunigung des Aufbaus eines Suffix-Arrays mit Quicksort für die Bibliothek SeqAn.
Theses from 2006
Thomas Schüler: Verwaltung von Alignment-Fragmenten
Date: 08.05.2006Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
In dieser Arbeit sollen Datenstrukturen und Algorithmen zur Verwaltung und Manipulation von Alignment-Fragmenten für die Softwarebibliothek Seqan entworfen und erstellt werden.
Stephan Aïche: Approximative Stringsuche
Date: 06.06.2006Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
In dieser Arbeit sollen verschiedene gängige Algorithmen zur approximativen Stringsuche implementiert und miteinander verglichen werden. Die Implementierung erfolgt für die Softwarebibliothek SeqAn.
Elena Reiffel: Seedsuche und -ausweitung am Beispiel von BLAST
Date: 12.06.2006Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
In dieser Arbeit soll ein einfaches Verfahren zur Suche verschiedener Arten von Seeds sowie Verfahren für die Ausweitung der gefundenen Seeds implementiert werden. Dabei orientieren wir uns an Methoden, die sie von den Tools BLAST und PatternHunter verwendet werden. Die Implementierung erfolgt für die Softwarebibliothek SeqAn.
Marcel Grunert: Improved Feature Finding in LCMS Data
Date: 06.06.2006 - 01.08.2006Project: OpenMSTutor(s) : Clemens Gröpl
Der Feature Finding Algorithmus von OpenMS soll durch Einbeziehung von besseren Modellen für das Elutionsprofil und neuen Algorithmen zum Anpassen an die Daten weiter verbessert werden.
Dominic Fabian: Image Processing Methods for LCMS Data
Date: 27.06.2006 - 22.08.2006Project: OpenMSTutor(s) : Clemens Gröpl
Liquid chromatography coupled to mass spectrometry (LC/MS) can be seen a two-dimensional separation technique. Thus we can convert the resulting data into gray-scale images and apply a plethora of methods from computer vision.
Theses from 2005
Adrian Hass: Consensus Berechnung
Date: 1.05.2003Project: SeqanTutor(s) : Reinert, Döring
Im Rahmen dieser Arbeit wird ein Tool zur Berechnung einer Consensus-Sequenz für die Genomassemblierung entwickelt.
Fabian Buske: Kalibrierung von Massenspektren
Date: 26.05.2004Project: OpenMSTutor(s) : Clemens Gröpl, Eryk Wolski
Implementierung und Erprobung von Algorithmen zur Kalibrierung von Massenspektren.
Yaroslav Latyshev: Alignieren der Retentionszeiten von LCMS Daten
Date: 26.05.2004Project: OpenMSTutor(s) : Clemens Gröpl
Implementierung und Erprobung von Algorithmen zum Alignieren von LCMS Daten entlang der Retentionszeit.
Theses from 2004
Lars Petzold: Factor Oracle
Date: 26.05.2004Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
Implementierung des Datentyps Factor Oracle und Anwendung dieses Datentyps für die Suche nach Repeats.
Martin Langwisch: K-mer Stringindex
Date: 26.05.2004Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
Programmierung und Evaluation des Datentyps "K-mer Stringindex".
Maximilian Weiss: X-full Alignment Tree
Date: 26.05.2004Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
Implementierung einer Datenstruktur, die alle Bereiche in lokalen Alignments repräsentiert, welche frei von niederscorigen Regionen sind.
Aysam Gürler: Huffman Codes und Sequenz Input/Output
Date: 26.05.2004Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
Implementierung und Test eines Kompressionsalgorithmus für Sequenzen sowie Input/Output von Standardformaten für Sequenzen.
Denis Bauer: Motif Refinement
Date: 26.05.2004Project: SeqanTutor(s) : Döring, Reinert
Implementierung eines EM-Algorithmus für die Suche von Motiven in Sequenzen.
Anne-Katrin Emde: Protein Sequence Digester
Date: 8.12.2003Project: ProteomicsTutor(s) : Reinert, Wolski
Ziel dieser Arbeit ist es, ein Modul zu implementieren, das gegeben: erstens eine Aminosäuresequenz, zweitens mögliche variable und feste Proteinmodifikationen und drittens eine Protease (z.B. Trypsin), die Massen der Proteinfragmenten berechnet. Dem Benutzer soll es möglich sein, neue Modifikationen und proteolytische Enzyme hinzuzufügen.
Nils Weinhold: ProbID - a database search scoring function for MS/MS searches
Date: 14.06.2004Project: OpenMSTutor(s) : Reinert/Gröpl
Implementation of the ProbID scoring funtion in OpenMS.