| Reinert |
UE: Wednesday | 10-12 | SR 055 | ||||
| Die Vorlesung gibt eine Einführung in grundlegende algorithmische Techniken und Datenstrukturen für Strings und Graphen. Dabei stehen bioinformatische Fragestellungen im Vordergrund. Zielgruppe: Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester. Literatur: Die Folien der Vorlesung werden jeweils vor der Vorlesung ins Netz gestellt. Zusätzlich gibt es am Anfang jedes Kapitels eine Liste, in der die Quellen und Hintergrundliteratur zum jeweiligen Thema zu finden sind. Hier sind drei Bücher, die gut als Einführung geeignet sind (diese befinden sich auch im Handapparat der Fachbereichsbibliothek): Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8 R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3 David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7 First lecture: | ||||||
Allgemeine Informationen zur Vorlesung und Übungen
Prüfungen
Die zweistündige Vorlesung wird durch eine Prüfung abgeschlossen und bewertet.
Für die Klausur sind Taschenrechner erlaubt!
Skript
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Skript |
Kommentar |
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1 |
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Alle Infos der Einführung |
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 stringmatching.pdf (247 KB) |
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| 3 |
pairwise_alignment.pdf (330 KB) |
[ffile]DFS-Pseudocode.png[/file] (Quelle) |
| 4 |
fastaChaining.pdf (175 KB) |
[ffile]BFS-Pseudocode.png[/file] (Quelle) |
| 5 |
blastAhoCorasick.pdf (167 KB) |
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| 6 |
languages.pdf (196 KB) |
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| 7 |
hmms.pdf (338 KB) |
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| 8 | [ffile]expectationmaximization.pdf[/file] | |
| 9 |
msa.pdf (810 KB) |
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| 10 |
Klausur1.pdf (74 KB) |
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| 11 |
Klausur2.pdf (7 KB) |
Übungen
Die Tutoren sind Herrn Paul Pyl und Herr Michael Bartel.
Übungsblätter
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Skript |
Kommentare und weitere Dateien |
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1 |
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| 2 |
A2.pdf (197 KB)
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 aldabism-data.tar.bz2 (402 KB) aldabism-data.tar.gz (435 KB) aldabism-data.zip (430 KB) |
| 3 |
A3.pdf (177 KB) |
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| 4 |
A4.pdf (175 KB) |
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| 5 |
A5.pdf (75 KB) |
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| 6 |
A6.pdf (46 KB) |
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| 7 |
A7.pdf (62 KB) |
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| 8 |
A8.pdf (58 KB) |
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| 9 |
A9.pdf (55 KB) |
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| 10 |
A10.pdf (66 KB) |
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| 11 |
A11.pdf (65 KB) |
A11_muster.pdf (124 KB) |
| 12 |
A12.pdf (69 KB) |
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| 13 |
A13.pdf (72 KB) |
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Neubert_muster.pdf (354 KB) |
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Rep1_WS0809.pdf (77 KB) |
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Rep2_WS0809.pdf (76 KB) |
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 Viterbi_Code.java (4 KB) |
Ergebnis Klausur:
| Matr: | Note |
| xxx2152 | 2,0 |
| xxx6901 | 5,0 |
| xxx1051 | 5,0 |
| xxx1192 | 5,0 |
| xxx4170 | 3,7 |
| xxx3984 | 3,3 |
| xxx1116 | 2,3 |
| xxx2077 | 5,0 |
| xxx3282 | 4,0 |
| xxx8015 | 3,7 |
| xxx5401 | 5,0 |
| xxx6890 | 2,7 |
| xxx0539 | 5,0 |
| xxx2729 | 3,3 |
| xxx2000 | 2,3 |
| xxx6679 | 1,3 |
| xxx9218 | 3,3 |
| xxx5671 | 4,0 |
| xxx2064 | 3,0 |
| xxx2041 | 5,0 |
| xxx4072 | 5,0 |
| xxx2428 | 2,7 |
| xxx0343 | 1,7 |
| xxx1235 | 2,0 |
| xxx3123 | 2,7 |
| xxx0772 | 2,7 |
| xxx0760 | 3,3 |
| xxx3178 | 2,7 |
| xxx0624 | 3,7 |
| xxx2858 | 5,0 |
| xxx9645 | 2,0 |
| xxx3905 | 3,7 |
| xxx0489 | 2,3 |
| xxx9672 | 2,3 |
| xxx2042 | 3,3 |
| xxx0956 | 4,0 |
Aktive Teilnahme
Die beiden Übungsklausuren (Reviews) finden statt:
| Datum | Uhrzeit | Raum | Kommentar |
|---|---|---|---|
| 11.12.08 | 8-10 | grosser HS | |
| 05.02.08 | 14-16 | SR 005 |
Ergebnis Review 1:
| xxx9218 | 22 |
| xxx0485 | 33,5 |
| xxx7896 | 27 |
| xxx4170 | 34,5 |
| xxx1116 | 29 |
| xxx8015 | 38,5 |
| xxx0624 | 17 |
| xxx9672 | 19 |
| xxx2041 | 22 |
| xxx2910 | 25,5 |
| xxx4072 | 35 |
| xxx5401 | 26,5 |
| xxx5671 | 27,5 |
| xxx6679 | 39 |
| xxx6890 | 37 |
| xxx9645 | 25,5 |
| xxx0343 | 36,5 |
| xxx0539 | 28 |
| xxx1051 | 21,5 |
| xxx1235 | 26,5 |
| xxx2000 | 31,5 |
| xxx2152 | 30,5 |
| xxx2428 | 29,5 |
| xxx2729 | 22 |
| xxx2858 | 14 |
| xxx3984 | 16 |
| xxx6901 | 15 |
| xxx2041 | 22,5 |
| xxx2077 | 30 |
| xxx3178 | 32,5 |
| xxx0760 | 34 |
| xxx0772 | 29,5 |
| xxx3123 | 24 |
| xxx2064 | 29 |
| xxx3282 | 22 |