| Döring |
| Übung zur Vorlesung. (KVV) | ||||||
Reviews
1. Review: Fr. 27.05.2005, 10-12 Uhr c.t., Raum 055. Umfang: Übungsblätter 1 bis 5 sowie die dazu gehörenden Übungsveranstaltungen.
review_1.pdf (51 KB)
2. Review: Fr. 01.07.2005, 10-12 Uhr c.t., Raum 055. voraussichtlicher Umfang: Übungsblätter 6 bis 9 sowie die dazu gehörenden Übungsveranstaltungen.
review_2.pdf (43 KB)
Übungenblätter
exercises_1-2.pdf (53 KB)
Anmerkung zur ersten praktischen Übung: Für GDUS und Bounding wird ein upper bound U benötigt. Diesen müssen Sie nicht notwendigerweise mit einer branch & bound-Methode wie in der Vorlesung bestimmen; das wäre zu viel Aufwand. Sie könnten statt dessen z.B. den Score eines globalen Alignments nehmen, dass Ihnen irgend ein gängiges MSA-Programm (z.B. clustalW) liefert. Oder Sie probieren ihr Programm mit verschiedenen "geratenen" upper bounds aus. Dabei könnten Sie auch gleich untersuchen, wie kritisch die Laufzeit des Programmes (d.h. die Zahl der besuchten Knoten) von der Güte des upper bounds abhängt. Überlegen Sie sich, was passiert, wenn Sie dabei ein zu niedriges U vorgeben.
exercises_3.pdf (43 KB)
exercises_4.pdf (37 KB)
exercises_5.pdf (40 KB)
exercises_6.pdf (41 KB)
exercises_7.pdf (42 KB)
Anmerkungen zur zweiten praktischen Übung:
Vienna RNA Package (RNAalifold, RNAfold): http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ViennaRNA-1.5beta.tar.gz
pmmulti: http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/PMcomp/
BRalibase: http://www.binf.ku.dk/users/pgardner/bralibase/#pub2
RNAz (zum Berechnen des SCI): http://www.tbi.univie.ac.at/~wash/RNAz
T-Coffee (zum Berechnen von multiplen Alignments bzw. Verarbeiten der T-Lara Libraries): hier
Aktueller "Snapshot" von T-Lara: 
T-Lara_08JUN.tar.gz (562 KB)
Readme dazu: 
T-Lara_Readme.txt (2 KB)
Achtung: Auf vielfachen Wunsch wird die Abgabefrist für die zweite praktische Übung auf Dienstag den 28.06.2005, unmittelbar nach der Vorlesung, verlängert. Nach 12 Uhr dieses Tages werden keine Lösungen mehr angenommen.
exercises_8.pdf (35 KB)
exercises_9.pdf (36 KB)
Ergebnisse
|
Matr.-Nr. |
Punkte |
Note |
|
xxxx000 |
44,5 |
2,0 |
|
xxxx010 |
39,5 |
2,7 |
|
xxxx090 |
52,0 |
1,3 |
|
xxxx188 |
51,0 |
1,3 |
|
xxxx218 |
49,0 |
1,7 |
|
xxxx306 |
49,0 |
1,7 |
|
xxxx326 |
56,0 |
1,0 |
|
xxxx407 |
49,0 |
1,7 |
|
xxxx423 |
56,0 |
1,0 |
|
xxxx440 |
46,0 |
2,0 |
|
xxxx700 |
49,0 |
1,7 |
|
xxxx810 |
55,0 |
1,0 |
|
xxxx825 |
39,5 |
2,7 |
|
xxxx857 |
53,5 |
1,0 |
|
xxxx880 |
50,5 |
1,3 |
Die Punktzahl ergab sich aus der Summe der Punkte, die bei den beiden praktischen Übungen (10 + 10) sowie den beiden Reviews (20 + 14) erzielt worden sind. Regulär konnten somit insgesamt 54 Punkte erreicht werden; in einigen Fällen gab es Zusatzpunkte. Der Notendurchschnitt lag bei 1,6.
Die Ergebnisse der Klausur können auf der Vorlesungshomepage eingesehen werden.