Die links und unten aufgelisteten Arbeitsgruppen decken die im Institut vertretenen Fachrichtungen im Spektrum zwischen Kerninformatik und Angewandter Informatik ab. Auch Arbeitsgruppen mit eher grundlagenorientierten Bezeichnungen wie Technische Informatik oder Theoretische Informatik weisen in ihren Projekten einen starken Anwendungsbezug auf.
Die inhaltliche Ausrichtung der anwendungsbezogenen Projekte ist vielfältig. Diese Vielfalt wird ermöglicht durch die Einbeziehung zahlreicher außeruniversitärer Kooperationspartner. An wissenschaftlichen Institutionen sind hier vor allem das Zuse-Institut Berlin und das Max-Planck-Institut für molekulare Genetik zu nennen. An Projekten, die durch EU und BMBF gefördert werden, sind sowohl universitäre als auch außeruniversitäre Partner beteiligt.
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